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Dans le pays de Clow, la jeune princesse Sakura et son ami d'enfance Syaoran s'aiment secrètement, mais aucun des deux n'ose avouer ses sentiments à l'autre. Lorsque Sakura décide enfin de se déclarer, elle est interrompue par son frère, le roi Toya qui n'apprécie pas beaucoup le lien qui se tisse entre sa petite soeur et Syaoran.
Le lendemain, la princesse va rejoindre son ami sur les lieux de son travail; des ruines archéologiques où travaillait le père du jeune garçon orphelin quelques années auparavant. Elle touche un symbole mystérieux sur le sol déclanchant ainsi un piège magique qui aura pour effet de faire apparaître ses ailes. Celles-ci se disperseront instantanément dans divers mondes. Sakura s'évanouira tandis que des ennemis se matérialiseront dans les ruines, attaquant les archéologues. Il n'y a pas de temps à perdre! Yukito, le prêtre et ami d'enfance de Toya déclare à Syaoran que les ailes(tsubasa) que la princesse a perdues ne sont autre que son âme. La jeune fille mourra si Syaoran ne les récupère pas rapidement. Le prêtre l'envoie dans un monde où il fait la connaissance de Yuko, nommée également "la sorcière des dimensions". Au même moment, Kurogané et Fay font leur apparition.
Kurogané est un grand ninja envoyé par la princesse de son monde Tomoyo pour le punir de tuer sans réelle raison. Fay quant à lui est un puissant magicien qui a préféré quitter son monde après avoir endormi le roi de son pays Ashura-Ô .
Yuko va leur permettre de voyager tous les trois d'une dimension à l'autre à condition qu'ils lui donnent chacun la chose la plus précieuse qu'ils possèdent...
Le voyage commence...et Mokona, une adorable petite boule de poils remis par Yuko pourra localiser les plumes de Sakura, ouvrir des portes entre différents univers mais aussi, communiquer avec la sorcière des dimensions.